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深圳社保中醫療保險分為兩種，一種是總和醫療保險，一種是住院醫療保險。
深圳住院醫療保險-少兒醫保并入
經原國家勞動和社會保障部批復，我市成為城鎮居民基本醫療保險擴大試點城市。目前我市除少兒及大學生以外的居民均已納入醫療保險參保范圍，可享受住院、大病門診和普通門診待遇。則少兒醫保待遇相比其他居民的醫保待遇要低。由于住院醫療保險的繳費標準較低，為本市上年度在崗職工平均工資的0.8%、2010年為374元(注：居民參加綜合醫療保險繳費標準最低為本市上年度在崗職工月平均工資的40%的8%、2010年為1495元)，且財政補助200元、家庭或個人只承擔174元，比原來少兒醫保只增加100元。
所以我市將少兒醫保統一并入住院醫療保險，同時取消原來的少兒醫療保險，可在參保家庭或個人的負擔增加不多的前提下大幅度提高參保少兒和大學生的醫保待遇，是市政府提高少兒及大學生福利的一項重要舉措。
深圳住院醫療保險-報銷流程
根據《深圳市城鎮職工社會醫療保險辦法》(市政府令第125號)
深圳市城鎮職工社會醫療保險現金報銷管理辦法
第一條為規范我市城鎮職工社會醫療保險現金報銷管理工作，根據《深圳市城鎮職工社會醫療保險辦法》(市政府令第125號)，制定本辦法。
第二條我市職工社會醫療保險參保人(以下簡稱參保人)就醫所發生的符合基本醫療保險、地方補充醫療保險或者生育醫療保險規定的醫療費用中由參保人及其親屬以現金先行支付，需要報銷的，適用本辦法。
第三條參保人就醫有下列情形之一，先行支付現金的，可以憑有關單據和資料到市社會保險管理機構(以下簡稱市社會保險機構)辦理本辦法第二條規定范圍內的報銷手續：
(一)就診的定點醫療機構發生電腦故障或因職工社會保險證損壞不能記帳的;
(二)因急、危重病癥在本市非定點醫療機構救治的;
(三)經本市定點醫療機構或市社會保險機構同意轉往市外醫療機構診治的;
(四)因在市外出差、探親、休假、學習期間患急病在市外醫療機構就診的(含參保人在市外分娩的);
(五)被長期派駐市外工作或者退休后在市外定居時在當地就診的。
第四條參保人就醫有本辦法第三條規定情形之一的，以現金支付醫療費用，報銷時應向市社會保險機構提供以下資料：
(一)原始收費收據;
(二)費用明細清單;
(三)門診病歷或者住院病歷復印件(加蓋醫療機構公章);
(四)疾病診斷證明書;
(五)本人職工社會保險證。
被長期派駐市外工作或者退休后在市外定居時在當地就診發生醫療費用，辦理報銷時，除應提交前款資料外，還應當事先向市社會保險機構辦理異地工作(定居)登記手續。
第五條參保人經本市定點醫療機構或市社會保險機構同意轉往市外就診發生醫療費用，辦理報銷時，除應向市社會保險機構提供第四條規定資料外，還應當提交簽有核準意見的《深圳市社會醫療保險市外轉診審核申請表》，并按以下程序核準報銷：
(一)經市社會保險機構核準轉診的，將上述資料直接送市社會保險機構核準報銷;
(二)經市三級醫院或市級專科醫院轉診的，將上述資料送至轉出的醫療機構，核定報銷方案后，再上報市社會保險機構復核，以復核后的報銷費用為準。